Fiz um exemplo com as três formas de formatar a apresentação de strings.
Vamos assumir o valor a = 0.99
, para todos os exemplos, onde fixo nove posições numéricas. Destas nove posições 3 são decimais.
In [5]: f"{a:0>9.3f}" Out[5]: '00000.990'string format
In [4]: "{:0>9.3f}".format(a) Out[4]: '00000.990'format string
In [3]: "%09.3f" % a Out[3]: '00000.990'
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